Mein Golf läuft unrund, wenn er warm gefahren ist

Ich besitze einen VW Golf 2, 1,3 Ltr. Motor NZ, Bj.12/91 mit Kat und nachgerüstetem KLR von HJS. Er war bis gestern im Winterschlaf und heute habe ich mich auf die erste Ausfahrt gefreut, aber leider lief er, als ich ihn warmgefahren habe unrund wie auf 3-3,5 Zylinder und ruckelt.
Ich habe in der Winterpause die Zündkabel und die Verteilerkappe und den Verteilerfinger wechseln lassen - daran kann es also nicht liegen.
Ich habe dann an altes Benzin gedacht (es war auch nicht mehr viel im Tank) und nachgetankt, aber damit war mein Problem auch nicht behoben. Ich bin wirklich etwas ratlos. Was könnte der Grund für mein Problem sein?

Als erstes würde ich mich um en KLR kümmern, du weißt ja hoffentlich worauf ich Anspiele 
Zum zweiten, Zündfunke prüfen, Drosselklappe mal genauer anschauen.

Der KLR ist sowieso noch nicht eingetragen, von daher könnte er auch wieder raus - aber ob das wirklich das Problem ist? Wie prüfe ich die Drosselklappe? Von Seiten der Zündung kann es nicht sein, da ist alles neu.